Uno de los campos en que más empeño ponemos en nuestro centro es el de la alimentación que recibe cada niño. Es por ello, que desde sus comienzos, el Colegio tiene un comedor, donde diariamente una cocinera cualificada elabora la comida para todos los alumnos del centro (se quedan todos, sin excepción). La atención y cuidado que ponemos en mantener una alimentación sana y adecuada nos ha llevado a mantener dicha cocinera en estos tiempos en que casi todos los comedores se abastecen de servicios de catering, además de procurar sostener el servicio con ayudas y subvenciones provenientes de organismos tanto públicos como privados (incluso en ocasiones el profesorado ha aportado su ayuda económica si ha sido preciso, además de su trabajo por turnos para atender el  servicio de comedor altruistamente). De esta manera conseguimos que muchos de estos niños que no pueden pagar la baja cuota mensual que se pide (50 euros), sigan comiendo diariamente en el centro. La Consejería de Servicios Sociales del Gobierno de Cantabria, Banco de Alimentos, Servicio de Excedentes de Frutas de la Unión Europea, y algunos restaurante de la ciudad, son algunas de las instituciones que en mayor o menor medida colaboran o han colaborado con el Comedor, bien en ayudas de productos o bien económicamente, dando valor y reconocimiento a la labor desarrollada.